西部沿海地区：
气候极为干燥，大部分地区为沙漠。这是由于南美洲西部地形特点和沿岸附近有强大寒流的结果。地势高峻的安第斯山脉犹如一道不可逾越的屏障，使西部沿海地区受不到来自大西洋的暖湿气团的影响，整个地区常年降雨量很少，大部分地方年降雨量仅10－15毫米。北部比南部降雨量多些，如利马年降雨量不到40毫米。北部与厄瓜多尔接界处年降雨量稍多，达250毫米。太平洋沿岸的秘鲁寒流使沿海地区气温也显著降低。该地区平均温度与同纬度大西洋沿岸地区相比相差好几度。 荒漠的地带，干燥的气候，以至不少地方无人居住，人口都集中在河谷地区。安第斯山脉西坡上的雨水汇合成52条河流，由于雨水不富，河流多短促、流急，其中只有10条流向太平洋，其余因蒸发和灌溉绿洲而失去水分。这些河流所形成的小河谷横贯于这块荒芜的狭长地带上，形成了52个绿洲。这些绿洲决定了城镇的地理位置，成为全国农业最发达的地区，工业最集中的地区和人口最稠密的地区。

中部山区：
属安第斯山脉，地形结构复杂，地势起伏大。气候、雨量随地势高度和地形特点有热带、温带、寒带之分。北部高度较小，在3,000米左右处降水量多，往南随坡度升高，雨量递减。安第斯山脉西侧极其干燥，而东坡雨量丰富，覆盖着热带雨林。安第斯山脉大部分处于寒带和冰雪带。寒带最高温度不超过摄氏23度，最低为摄氏3－5度，年降雨量在1,800-2,000毫米。冰雪带气候较寒冷，4,500米以上地区很少有人居住。降水主要靠雪和冰雹。寒带和冰雪气候季节变化不大，而南部“普纳”地区温度升降激烈，昼夜之间相差摄氏15－20度。 中部地区人口较多，主要集中在山间河谷和矿山工业中心。印第安人中数量最多的克丘亚人就居住在山区的普诺、库斯科、阿亚库乔、万卡维利卡等省。

东部林区：
属热带雨林地区，潮湿、多雨。北部赤道气候占优势，雨量和温度和季节差异很小，南部与北部相比，冬季少雨，温度季节变化稍大。该区居民较少，主要分布在河谷地带。 秘鲁的河流分属太平洋水系和大西洋水系。此外还有一个内陆水系即的的喀喀湖流域。西科迪勒拉山脉是分水岭。上面讲到的位于沿海地区、发源于安第斯山脉西坡的52条河流即属太平洋水系，水量小、流程短。属大西洋水系的各河流发源于安第斯山脉东坡，水量丰富，流程较长，这些河流在亚马孙低地与发源于赤道安第斯山的河流汇合，形成亚马孙河，流经巴西注入大西洋，因此，大西洋流域的各河流又属亚马孙河水系。太平洋水系的河流对西部沿海地区农业发展起了很大作用。东部地区因流量大，为工农业发展提供了丰富的水力资源，但因气候湿热、雨林密布，尚未充分利用。